Chyby, rizika a oficiální zdroje

Kontroly mzdové agendy a oficiální zdroje: ČSSZ, zdravotní pojišťovny, finanční úřad, inspekce práce

Kdo v Česku kontroluje mzdy a personální agendu, co si při kontrole vyžádá, jaké pokuty hrozí a kde ověřit aktuální pravidla – přehled úřadů, zákonů a podkladů z mzdového softwaru.

Aktualizováno · 4 min čtení

Kontroly mzdové agendy a oficiální zdroje: ČSSZ, zdravotní pojišťovny, finanční úřad, inspekce práce

Mzdovou agendu v Česku kontrolují čtyři hlavní instituce: územní správy sociálního zabezpečení (pojistné na sociální zabezpečení, nemocenské, JMHZ, registrace), zdravotní pojišťovny (pojistné na zdravotní pojištění, přihlášky a přehledy), finanční úřady (zálohy na daň, srážková daň, vyúčtování, roční zúčtování) a inspekce práce – Státní úřad inspekce práce a oblastní inspektoráty práce (evidence pracovní doby, odměňování, dovolená, dohody, nelegální práce). Při osobních údajích přichází v úvahu i Úřad pro ochranu osobních údajů. Dobrý mzdový a HR software má jednu skrytou hodnotu: podklady pro kontrolu vytisknete či exportujete za minuty – mzdové listy, rekapitulace, evidenci pracovní doby, doklady ke slevám. Níže je přehled kontrol, podkladů, pokut a oficiálních zdrojů.

Patří do sekce chyby, rizika a oficiální zdroje. Stav k 28. 10. 2026.

Kdo co kontroluje

InstitucePředmět kontrolyTypické podkladyPříklad sankce
Územní správa sociálního zabezpečení (ČSSZ)pojistné, nemocenské, JMHZ, registrace zaměstnancůmzdové listy, rekapitulace, pracovní smlouvy, doklady o nepřítomnostipozdní JMHZ: až počet zaměstnanců × 5 000 Kč (§ 28 zákona č. 323/2025 Sb.)
Zdravotní pojišťovnapojistné, přihlášky a odhlášky, přehledy platebmzdové listy, přehledy, doklady o výjimkách z minimapokuta až 50 000 Kč za jednotlivé porušení (§ 26 zákona č. 592/1992 Sb.)
Finanční úřadzálohy na daň, srážková daň, prohlášení poplatníka, roční zúčtování, vyúčtovánímzdové listy, prohlášení a doklady ke slevám, rekapitulacedoměření daně, úrok z prodlení, pokuty podle daňového řádu
Inspekce práce (SÚIP, OIP)evidence pracovní doby, odměňování, dovolená, dohody, rovné zacházeníevidence podle § 96 ZP, smlouvy, mzdové výměry, rozvrhy směnnevedení evidence pracovní doby: až 400 000 Kč (zákon č. 251/2005 Sb.)
ÚOOÚzpracování osobních údajů zaměstnancůzpracovatelské smlouvy, záznamy o činnostech, nastavení přístupůsankce podle GDPR a zákona č. 110/2019 Sb.

Částky jsou zákonné maximální sazby; konkrétní pokuta závisí na okolnostech. Mzdové listy a evidence pracovní doby se uchovávají 45 let – viz archivace mzdových listů a HR dat.

Co si připravit: podklady ze systému

  1. Mzdové listy za kontrolované období (§ 38j zákona o daních z příjmů).
  2. Rekapitulace mezd a přehled odvodů po měsících.
  3. Odeslaná JMHZ a potvrzení ČSSZ, opravná hlášení.
  4. Přihlášky a přehledy zdravotním pojišťovnám.
  5. Evidence pracovní doby podle § 96 zákoníku práce a rozvrhy směn, u dohod rozvrh předem.
  6. Prohlášení poplatníka a doklady ke slevám a daňovému zvýhodnění.
  7. Pracovní smlouvy, dohody, mzdové výměry a jejich změny.
  8. Doklady o nepřítomnostech (dovolené, nemoci, překážky).
  9. Srážky ze mzdy – usnesení, dohody o srážkách, výpočet nezabavitelné částky.

Nejčastější zjištění, kterým software pomůže předejít

ZjištěníJak pomůže systém
Neúplná evidence pracovní doby (chybí začátek a konec)docházka se záznamem začátku a konce, historie změn
Překročení limitu DPP 300 hodinupozornění na limit
Nesprávně uplatněné slevy na danievidence prohlášení a dokladů, upozornění na chybějící podpis
Nedoplatek pojistného u minimálního vyměřovacího základuautomatický dopočet
Pozdní nebo chybné hlášenípřipomínky lhůt, kontrola před odesláním
Nevyčerpaná dovolená z minulého rokuupozornění na termín 30. 6.

Typické chyby při zavádění softwaru, které vedou k těmto zjištěním, popisuje článek nejčastější chyby; smluvní ochranu proti chybám programu článek smlouva, SLA a chyby ve výpočtu mezd.

Oficiální zdroje pro mzdovou agendu

ZdrojCo tam ověřit
Česká správa sociálního zabezpečeníJMHZ (technická dokumentace, přechodné období), registrace, pojistné, přehled údajů pro daný rok, ePortál
Ministerstvo práce a sociálních věcíminimální mzda, zákoník práce, výklady, JMHZ
Finanční správazálohy na daň, formuláře prohlášení a vyúčtování, roční zúčtování, DPH
Zdravotní pojišťovny (např. VZP ČR)přihlášky, přehledy, minimální vyměřovací základ
Státní úřad inspekce prácekontroly, poradenství k pracovní době, dovolené a odměňování
Úřad pro ochranu osobních údajůochrana osobních údajů zaměstnanců
e-Sbírkaoficiální úplná znění zákonů a nařízení
Zákony pro lidikonsolidovaná znění a historie změn

Parametry roku 2026 jsou shrnuté v článku mzdy 2026: pojistné, daň a slevy, JMHZ v článku JMHZ a mzdový software.

Hlavní předpisy

  • zákon č. 262/2006 Sb., zákoník práce,
  • zákon č. 323/2025 Sb., o jednotném měsíčním hlášení zaměstnavatele,
  • zákon č. 589/1992 Sb., o pojistném na sociální zabezpečení,
  • zákon č. 592/1992 Sb., o pojistném na veřejné zdravotní pojištění, a zákon č. 48/1997 Sb.,
  • zákon č. 586/1992 Sb., o daních z příjmů,
  • zákon č. 582/1991 Sb., o organizaci a provádění sociálního zabezpečení (uschovací doby),
  • zákon č. 187/2006 Sb., o nemocenském pojištění,
  • zákon č. 251/2005 Sb., o inspekci práce,
  • nařízení (EU) 2016/679 (GDPR) a zákon č. 110/2019 Sb.

Časté otázky

Jak dlouho zpětně může kontrola sahat?

Záleží na instituci a druhu povinnosti. Například právo předepsat dlužné zdravotní pojistné zaniká za 6 let ode dne splatnosti (§ 16 zákona č. 592/1992 Sb.); lhůty pro daně stanoví daňový řád. Proto uchovávejte podklady dlouhodobě.

Musím při kontrole umožnit přístup přímo do systému?

Obvykle stačí předložit podklady (tisk nebo export). Kontrolní orgán může požadovat součinnost podle svého zákona; přímý přístup do systému neposkytujte bez rozmyslu, raději připravte exporty.

Kontroluje inspekce práce i dohody?

Ano – mimo jiné limity hodin, rozvrh pracovní doby předem, odměnu nejméně ve výši minimální mzdy a nárok na dovolenou.

Kde se poradit před kontrolou?

U zkušené mzdové účetní, daňového poradce nebo advokáta. Oblastní inspektoráty práce a ČSSZ poskytují i obecné informace.

Zdroje

Související průvodci